Das SU9000 ist eine auf extreme Auflösung hin optimierte Kombination aus oberflächen-abbildendem REM und intrinsische Strukturen auflösendem Raster-Transmissions-Mikroskop (STEM). Ermöglicht wird dies durch die einzigartige Elektronenoptik des SU9000, die einen kalten Feldemitter mit nahezu monochromer Emission mit einer "inlens" Objektivlinse kombiniert. Die Probe wird hier auf einem hochstabilen "side-entry" Halter quasi im Inneren der zweistufigen Objektivlinse platziert. Für REM Abbildung steht vergleichbar dem SU8600 ein zweistufiges, energiegefiltertes Detektorsystem, erweiterbar um einen mobilen Rückstreudetektor, zur Verfügung. Im Transmissionsmodus kann simultan zur REM Abbildung TE Signal selektiv nach Streuwinkeln (Hellfeld, varialbles Dunkelfeld) mit einer Gitter Auflösung bis unter 3A nachgewiesen werden. Für höchstauflösende Elementanaytik im REM- wie auch im STEM Betrieb, kann ein großer, auch fensterloser, EDX Detektor mit bis zu 0,7 sr Raumwinkel nahe der Probe montiert werden.